ב-16 בפברואר 2016, שופט פדרלי אמריקאי הורה לאפל לעזור ל-FBI לפרוץ לאייפון שבבעלות סייד פארוק, אחד היורים פיגועים בדצמבר 2015 בסן ברנרדינו.

ה-FBI ביקש מאפל ליצור גרסה של iOS שגם תשבית את תכונות האבטחה של קוד הסיסמה וגם תאפשר להזין קודי סיסמה באופן אלקטרוני, מה שיאפשר לה לאלץ את קוד הסיסמה בכוח על המכשיר.

אפל הודיעה כי תתנגד לצו במכתב פתוח פרי עטו של טים קוק, שאמר כי בקשת ה-FBI תהווה 'תקדים מסוכן' עם השלכות חמורות על עתיד ההצפנה של הסמארטפונים. אפל אמרה שהתוכנה שה-FBI ביקש יכולה לשמש כ'מפתח ראשי' שניתן להשתמש בו כדי לקבל מידע מכל אייפון או אייפד - כולל המכשירים האחרונים שלו - בעוד שה-FBI טען שהוא רוצה גישה רק לאייפון בודד.

הסכסוך של אפל עם ה-FBI הסתיים ב-28 במרץ 2016 לאחר שהממשלה מצאה דרך חלופית לגשת לנתונים באייפון באמצעות חברת Cellebrite הישראלית ומשכה את התביעה.